Jodorowsky mindig figyelmen kívül hagyta a közízlést, így meggyűlt a baja a nagyközönséggel, azonban a midnight movie prototípusaként méltatott El Topóval saját műfajt fejlesztett ki (egyben maga a Jodorowsky-film vált zsánerré), ezzel híveket, követőket toborzott. Többi filmje producerek hozzájárulásával jött létre (Allen Kleintől Michel Seydoux-ig) vagy miattuk hiúsult meg (O története, Dűne).
A szent hegy (The Holy Mountain, 1973) az El Topo spirituális folytatása, Jodorowsky szintén mentor-tanítvány kapcsolatot állít középpontba, immár absztrahálva: a két főhős esszenciális, univerzális messiás és apostol. Az El Topóban tanítvány volt, immár ő a mester: a karaktert maga alakítja, de a főszerep (és a vele járó jellemfejlődés) itt is a tanoncé. Jodorowsky kikosarazta a szerep iránt érdeklődő George Harrisont, csak mert nem vállalta a jelenetet, melyben a hős ánuszát mossák premier plánban – a direktor szerint a sztár nem tudta maga mögött hagyni az egóját, így alkalmatlan volt. A főhős a tarot tolvaj- és bolond-karakterének felel meg, életét szellemi ébredésétől kísérjük figyelemmel. Jodorowsky rajongója a tarotnak, mely szimbólum-enciklopédiának megfelelő képi nyelvét kísérelte meg filmre átültetni. Tarantino egy évszázad filmterméséből, ő viszont többezer évnyi vallási és kulturális szimbolikából idéz. A főhős kapzsi, az alkimista mentor ezt használja ki: ürülékből csinál aranyat, ami egyben azt szimbolizálja, hogy a mester értéktelen emberből fog szellemi lényt faragni. A tolvaj megtisztulási, beavatási szertartáson esik át (Jodorowsky művei az efféle rituálék filmes megfelelői is egyben), amivel nincs egyedül: a mentor kilenc tanítványt választ.
A rendező a karakterek előtörténetét is megmutatja, e szcénák anarchista, ellenkulturális szatírák az emberiség történelméről: Jodorowsky parodizálja az USA militáns külpolitikáját, kolonializmust, kapitalista, fogyasztói társadalmat, test- és sztárkultuszt, vallásháborúkat, nácizmust, totalitárius, nacionalista propagandát, tömegkultúrát, modern képzőművészetet, kereszténységet, Egyházat. A vezértéma továbbra is a természet, és az azt képviselő gyerekek (nature) megrontása hanyatló, elidegenedett civilizációk (nurture) által („Az ember megtanulta művelni a földet, gyengítve a növényeket, míg a vadon olyan, amilyen a Teremtés pillanatában volt.”). Leary-t hamis prófétaként ábrázolja: úgy fogalmazott, nincs szüksége drogokra, ő maga az LSD, filmjei a tudatmódosító, hallucinogén szerek mozgóképes megfelelői, hasonló funkciót töltenek be ars poeticájában, mint a sámánoknál a narkotikumok. Kikapcsolják a felettes ént, a (kollektív) id-ben való barangolást tesznek lehetővé, felszínre hozhatnak komplexusokat (bedrogozott filmbeli karaktereinek tudatalattijuk szörnyeivel kell szembenézniük).
A mester örök életet kínál tanítványainak, akik lassan maguk mögött hagyják materiális életüket. A mitológiák szent hegyét keresik (a Fando és Lis ősi városa után újabb délibáb), hogy erőszakkal vegyék el a hegy megvilágosodott bölcseinek tudását (ahogy El Topo tette a sivatagban). A csapat az urbánus anyagi világot hagyja maga mögött a természeti szellemvilág felé tartva, és noha a néző katartikus és grandiózus befejezést vár, Jodorowsky a gazdagon artisztikus, stilizált, metaszimbolikus filmnyelvvel operáló nyitány után egyre inkább dokumentarista, cinema vérité filmbe fordítja művét, ahogy karakterei szubjektívből objektív világlátás felé fejlődnek. Kronologikus sorrendben forgatott, hogy valódi fejlődést érjen el: szereplői itt sem színészek, a karakterek hús-vér megfelelőit igyekszik megtalálni (közülük is azokat, akik spirituális fejlődésre vágynak), akikkel szemben hasonlóan embert próbáló kihívásokat állít, mint mentorhőse tanítványai elé (itt többek közt bedrogozta őket). Nem azt adja a nézőnek, amit az látni akar, hanem amit látnia kell: a megvilágosodás felemásra sikerül, de nem a cél, hanem az út a fontos. Az El Topóban a tanítvány veri át a mestereket, ezúttal fordítva, de a mentor ezzel felnyitja a tanoncok szemét a valóságra, egy másféle megvilágosodást adva nekik. „Halhatatlanságot ígértem, de valóságot adok” - mondja Jodorowsky, belenéz a kamerába, utasítást ad totálra való vissza-zoomolásra, felfedve a stábot. A direktor ráébredt, hogy nincs örök élet, az ember halandó (így a jelen valóság a lényeges), a film pedig illúzió, átverés, ami viszont képes rávilágítani a valóságra. A forma is önreflexív: gore ábrázolásánál megmutatja a filmtrükköt, az effektet is. Erőszak-ábrázolása mindig teátrális, stilizált, elidegenítő. Talányos, művészien szimbolikus filmnyelve absztrakciós gondolkodásra kényszerít, stimulálja a fantáziát, míg szerinte a szórakoztató közönségfilmek butítanak és perverzek.
Bevallása szerint gyűlöletes apafigurának látta Kleint, ezért otthagyta az O története rendezését. A mitologikus, vallási áthallásokkal teli, science fantasy műfajú Dűnét akarta megrendezni (pedig nem is olvasta), azonban – nem tanulva hősei sorsából – minden eddiginél nagyobb ambíciói ezúttal meghiúsították projektjét. A Jodorowsky’s Dune-ból kiderül, hogy ezúttal a messiások filmes megfelelőjét, film-prófétát kísérelt megteremteni, ami reformálja, felszabadítja a filmművészetet. A regénytől eltérve filmje végén (az El Topo után ismét) meghalt volna a messiás-szerű hős: a protagonista halála elidegenítő zárlatként működött volna (A szent hegyhez hasonlóan), hisz ha a néző nem tud valakivel azonosulni, akkor a mindenséggel azonosul, a kozmosszal válik eggyé. Az azonosulás eszképista ópiuma híján a néző nem a hőst, hanem a valóságot viszi magával a filmszínházból. A stáb és a színészgárda kiválasztásakor úgy kereste fel a magához hasonló fanatikus művészeket, mint El Topo a mestereket és a guru a tanítványokat A szent hegyben. Ezúttal Douglas Trumbull-t kosarazta ki, helyette O’Bannon, Giger és Mœbius alkották a stábot, a zenét a Pink Floyd és a Magma készítette volna, szerepekre Welles, Jagger és Dalí mondtak igent (Jodorowsky-filmbe illően őrült feltételekkel), a főszerepet pedig fia játszotta volna, akit harcművészeti képzésnek vetett alá. Elvették tőle a projektet, de Hollywood belső körei látták a monumentális előkészületeket, ő és alkotótársai munkája utat talált a mozivászonra. Képregényekben készítette el saját verzióját: az ősöreg, főnemesi übermensch-családfáról szóló Metabárók kasztjában felbukkan A szent hegyben is prezentált rögeszméje ember és gép tudomány általi egyesüléséről. Rengeteg képregényt készít, ezen ágazatot a kis büdzsé nyújtotta kreatív kontroll miatt kedveli (hiperaktív fantáziájának így nem áll útjába a filmipar).
Önkéntes szegénységet választó hőseihez hasonlóan a minőségre törekedett, filmográfiája csak hét mozit számlál. Az Agyar (Tusk, 1980) legszürkébb munkája: mese egy elefánt és egy lány kapcsolatáról, de van benne szerzőiség és (gyerek- és családi filmek viszonylatában) szubverzív humor. A valóság tánca (La danza de la realidad, 2013) főpróbája életművében, tele önéletrajzi ihletésű jelenetekkel egyenesen gyerekkorából. A hősnő anyagias, kizsákmányoló apja megveti az indiai gyarmat őslakosainak primitív természeti kultúráját, a lány viszont érdeklődik irántuk (jelképesen spirituális apát választ a helyi bölcs személyében és lelki társat egy elefánt képében), a nacionalista angolok nagy felháborodására. Az elefánt és a hősnő egyaránt rosszul viselik a rájuk kényszerített nevelést, szabadságra, önállóságra törnek, végül megváltva a zsarnoki apát is, akit ingóságai szimbolikus elégetése után asszimilál a helyi kultúra. A valóság táncában a kapzsi, becsvágyó tőkésként ábrázolt autoriter apa arrogánsan viselkedik a nyomorban élő lakosokkal, a spirituális apa ismét egy falu bolondjának bélyegzett, nincstelen vallásos bölcs, végül pedig a helyi őskultúrát idegensége dacára tisztelő gyerekhős (a pszichomágiát sámánizmus ihlette) úgy váltja meg apját, hogy elégetteti vele idoljának és ősellenségének (diktátorok: Sztálin és Ibañez) képmását.
A Szent vér (Santa Sangre, 1989) producere és forgatókönyvírója Claudio Argento, ő adta a (Psycho módjára pszichologizáló) giallo zsánerét Jodorowsky szerzőiségéhez. Idézik A láthatatlan embert is: a gyerekhős híres szülei mellett elhanyagoltnak, mintegy láthatatlannak érzi magát (ahogy Fando), és eltűnni is szeretne az ellenséges, kirekesztő társadalom szeme elől. Apja züllött, anyagias cirkuszi erőművész, anyja frusztrált, bigott vallási fanatikus – Jodorowsky hasonlóan ábrázolja szüleit A valóság táncában. A nő matriarchális törpevallását az Egyház elpusztítja, a féltékeny anya és a parázna apa konfliktusából előbbi csonkán, utóbbi holtan kerül ki. Férfi és nő ismét együtt tesz ki egy teljes embert, de románc helyett beteges anya-fiú kapcsolatban: a zsarnoki, férje és annak szeretője iránt érzett gyűlöletét szabados férfiakra és főleg nőkre kivetítő anya tébolyba kergetett fia kezeit használja gyilkolásra. A végső csavar tanúsága szerint ez is csak eszképista, gyermeki képzelgés: a hős nem tudta feldolgozni szülei halálát, végül anyja bálványának elpusztításával fordul a valóság felé. Jodorowsky maga is elhagyta családját, anyja halálát így később traumaként élte meg. A maszkulin apát tetoválások borítják, fiára is varr egyet férfivá avatási szertartásként: Jodorowsky munkáinak testére, életművére tetoválja a tetszését elnyerő szimbólumokat és élete történetét.
A szivárványtolvaj (The Rainbow Thief, 1990) az Agyarhoz hasonlóan iparosmunka, de szerzői jegyeknek e film sincs híján, a szkript íróját az El Topo és A szent hegy inspirálta. Három hősre épül: egy excentrikus, kapzsi rokonai által őrültnek bélyegzett milliomos végrendeletének kedvezményezettje egy habókos misztikus, akit tanítványként szolgál egy tolvaj részesedés reményében. A milliomos vagyonával egy kitaszított közösséget (prostikat) vált meg, a tolvaj későn ébred rá, hogy délibábot kergetett, amikor anyagi javak rabja volt. A guru-hős a sci-fi őrült tudósainak fantasy-filmes megfelelője, céljai világmegváltóak („Kormányozd ki a világot minden idők legnagyobb özönvízéből!”), de végül (El Topóhoz hasonlóan) ráébred, hogy rossz úton járt, önkritikát gyakorol, mikor bevallja, hogy „önző tökéletesség-keresése során kihasználta” tanonca kapzsiságát. Korábban Jodorowsky is hasonlóan bánt színészeivel és stábjával, e filmje alkalmával hősével együtt ő is kudarcot vallott, így sokat váratott magára a visszatéréssel.
A gyerekkorát felidéző A valóság tánca címe a szellemi akaraterő anyagi valóság feletti uralmára utal. A direktor ismét narrátorként jelenik meg, immár elidegenítően (a film diegézisén kívülről) emblematikus, hús-vér önmagaként, mintegy hipnotizőr guruként a múltidézéshez. E munkája a legtisztább filmre alkalmazása a pszichomágiának. Korábbi műveiben is osztott nagy szerepeket művész fiaira, ezúttal saját családjával játszatja el felmenői történetét (apját fia alakítja), megismertetve velük gyökereiket. Immár cenzúra sem állt útjába, legbotrányosabb szcénáját aggastyánként készítette: irigyelte a Takashi Miike-féle Q látogató jelenetét, melyben egy nő tejet fakaszt melléből, nála az anya úgy gyógyítja meg férjét, hogy levizeli.
Jodorowsky ma is tanítványnak tartja magát, háromszáz évig akar élni.
