Az első részt ott hagytuk abba, hogy a negyedik Star Trek-film, az 1986-os A hazatérés meglehetősen sikeres volt, de az eredeti sorozat kreátora, Gene Roddenberry fokozatosan kezdett kiszorulni a döntéshozatalból.
A filmekben „executive consultant” pozícióra degradált Roddenberry ekkor időszerűnek érezte újra átvenni az irányítást a franchise felett, a stúdió pedig a negyedik rész igen pozitív jegyeladási mutatóit látván beleegyezett egy új sorozat elindításába. Az 1987 őszén startoló széria azonban már nem az ekkorra erősen nyugdíjaskorba lépett eredeti szereplők, hanem egy vadonatúj, sorban az ötödik Enterprise névre keresztelt csillaghajó legénységének kalandjait meséli el, 100 évvel Kirk és Spock kalandjai után. A Star Trek: Az új nemzedék (The Next Generation, röviden TNG) kezdetben vegyes fogadtatásban részesült, a korai gyermekbetegségeket kinőve azonban kora egyik legnépszerűbb sorozatává vált. Mindezt úgy, hogy sikeresen lerázta magáról a nagy előd árnyát, és egy teljesen önálló, saját „szájízzel” rendelkező, a ST-univerzumon belül saját világot felépítő, önálló művé vált.
Az új nemzedék még inkább megtestesítette Roddenberry pozitív jövőképét. Ezúttal nem kellett a csatornával és a „túlságos gondolatigényességtől” óvó erőkkel harcolni, s ez mind pozitív, mind negatív tekintetben éreztette hatását. Az új sorozatban sokszor inkább a felfedezésen és a diplomácián van a hangsúly, mintsem az akción és kalandon, a Roddenberry-féle „napi tanulság” viszont gyakran éppen emiatt sokkal szájbarágósabb, gyerekesebb módon kerül tálalásra, mint a TOS esetében. A politikai korrektség nevében még az eredeti sorozat „ahová még ember nem merészkedett” (a „man” az angolban egyszerre jelenti az embert és a férfit) mottóját „ahová még senki nem merészkedett”-re változtatták. Ezt a szellemiséget képviseli a sorozat – szintén ikonikussá vált – kapitánya, „a kopasz francia”, Jean-Luc Picard is. Az ismeretlen brit Shakespeare-színészből egy csapásra tévésztárrá váló Patrick Stewart által bravúrosan alakított kapitány sok tekintetben épp Kirk ellentéte: megfontolt veterán, aki inkább diplomata, mint kalandor. A szőrösszívű, Earl Grey-t kortyolgató űrhajóparancsnok idővel mégis sikeresen belopta magát a közönség szívébe.
A mindenkori sármőr szerepét ezúttal az első tiszt, William Riker (Jonathan Frakes) veszi át, a legénység tagjai közt pedig többek közt egy android, Data parancsnokhelyettes (Brent Spiner) és egy klingon, Worf hadnagy (Michael Dorn) is helyet foglal – a hidegháború végével párhuzamosan, a ST világában is békét kötött az emberiség és a Klingon Birodalom. A sorozat sikerét jelzi, hogy állandó vendégszereplőként az ekkor még említésre méltó karrierrel rendelkező Whoopi Goldberg is felbukkant olykor-olykor, a Csillagbár rejtélyes házigazdájának figurájaként. Rajta kívül többek közt még Stephen Hawking és Mick Fleetwood is beugrott egy-egy cameó erejéig Picardék hajójára.
Természetesen azért a TNG sem szűkölködött konfliktusokban. A sorozat eredeti antagonistái, a szabadversenyes kapitalizmust és annak kiskapuit még Gordon Gekkónál is komolyabban vevő ferengik túlságosan komikusra sikeredtek ahhoz, hogy valódi veszélyt jelentsenek, a második évadban felbukkanó kibernetikus szuperfaj, a méhkaptár mintájára kollektív közösségben létező borg viszont a ST-univerzum legfélelmetesebb ellenfelévé vált. Megemlítendő még az enigmatikus Q figurája – Picard örök nemezise, a mindenható erővel felruházott bajkeverő szintén több későbbi ST sorozatban felbukkant.
Időközben még két mozifilm készült az eredeti legénység szereplésével. Az 1989-es A végső határ (The Final Frontier) Shatner rendezésében nagyot bukott, az ismét Nicholas Meyer által vezényelt hatodik opus, az 1991-es A nem ismert tartomány (The Undiscovered Country), melynek cselekménye a klingonokkal való békekötés körül bonyolódik ellenben újfent sikert aratott. (Az utóbbi film főgonoszát egyébként Christopher Plummer alakította, de rajta kívül felbukkant benne Christian Slater, David Warner és David Bowie felesége, Iman is.) Eme film premierjét Roddenberry már nem élhette meg: a Star Trek atyja 1991 októberében elhunyt. A franchise irányítása ekkor már jórészt Rick Berman producer kezében volt, aki ezután már teljhatalommal a kezében uralta azt.
Berman és alkotótársai ismét megfogadták a korábban említett üzleti filozófiát, és még Az új nemzedék 1994-es befejezése előtt egy következő sorozat készítésébe fogtak. Az 1993 elején debütáló Star Trek: Deep Space Nine (DS9) új koncepcióval állt elő. Ezúttal nem egy csillaghajó, hanem egy űrállomás mindennapjaiba nyerhettünk bepillantást, mégpedig egy, a TNG politikailag korrekt világától messzi vidéken, a Föderáció peremén fekvő, folyamatos konfliktusoktól terhelt övezetben. Az özvegy, fiát egyedül nevelő (afroamerikai) Benjamin Sisko parancsnok (Avery Brooks) kapja a feladatot, hogy a kardassziai megszálló erők által porig rombolt Bajor (ejtsd: Béjdzsör) bolygó újjáépítésében segédkezzen a planéta körül keringő egykori ércfinomító állomás parancsnokaként. A dolgok tovább bonyolódnak, mikor kiderül, hogy az állomás mellett található az univerzum egyetlen ismert stabil féregjárata, ez pedig a galaxis egy távoli pontjára jelent állandó átjárási lehetőséget.
A DS9 radikálisan új dolgokat hozott a Star Trek univerzumba: az alapkoncepció, a „ha a hegy nem megy Mohamedhez” elvére alapozott „ha nem mi megyünk az ismeretlenhez, az jön hozzánk” irányvonal merőben másfajta cselekményszövést eredményezett, mint elődei esetében. A DS9 jóval inkább a politikáról és annak gyakorlatba való átültetéséről, vagyis a háborúról szólt, mintsem a sci-fi és a ST klasszikus „új világok felfedezése” premisszájáról. Fontossá váltak a (remekül megírt és eljátszott) visszatérő alakok, sokkal összefüggőbbé vált a teljes cselekményvezetés mint a korábbi, szinte teljesen epizodikus ST szériák esetében. Mindemellett a sorozat olyan, korábban nem vagy alig tárgyalt témákat is érintett, mint a vallás vagy a nyílt háború bemutatása. Ezek miatt a rajongók egyik fele nagyon nem kedveli a DS9-t, mondhatni nem tartja „valódi Star Trek sorozatnak”, egy másik jelentős hányad pedig éppen a konvenciókkal való radikális szakítás miatt kedveli igazán. Bárhogy is legyen, biztosan ez a franchise legkülöncebb gyermeke.
1994-ben, 7 évad és 178 epizód után (miközben többek közt még a legjobb sorozat Emmy-díjára is jelölték) a véget ért a TNG. Picardék kalandjai ezután a mozivásznon folytatódtak (a még ebben az évben bemutatott hetedik film, a Star Trek: Nemzedékek (Generations) szimbolikusan is átadta a terepet Kirkéktől Picardéknak). A Paramount pedig nem elégedett meg azzal, hogy újfent csak egy Star Trek tévésorozat kerüljön az éterbe. 1995 elején Bermanék útjára indítottak egy negyedik szériát, mely a keresztségben a Star Trek: Voyager címet nyerte. A címszereplő csillaghajó (USS Voyager) egy idegen lény mesterkedéseinek köszönhetően a galaxis túlsó végén köt ki, ahonnét a hazaút maximális meghajtással is több mint hetven évbe telne. Így a Star Trek első női kapitányának, Kathryn Janeway-nek (Kate Mulgrew) irányítása alatt egy teljesen ismeretlen, új veszélyekkel és konfliktusokkal teli vidéken kell megtalálniuk a hazavezető utat. Mindennek tetejébe pedig a kényszerűen egymás nyakán ragadt legényég fele egy, a Föderáció politikája ellen ágáló terrorista/ellenálló csoport, a maquik (a 60-as években Franciaországba száműzött Franco-ellenes gerillák után) kötelékébe tartozik.
A Voyager ígéretes új kezdet lehetett volna, a DS9 mintájára ügyesen kikerülhette volna a korábbi Trek sorozatok paneljeinek ismétlését, azonban nem így történt. Az írók létrehoztak egy remek, többszörösen is jól kijátszható szituációt, melyet végül elfelejtettek kijátszani. A maquik a második epizódtól fogva megkülönböztethetetlenek lettek a „rendes” személyzet tagjaitól, a kapitány és a legénység ugyanazt az epizodikus, „fedezzük fel az ismeretlent, közben pedig akciózgassunk kicsit” elvet követi, melyet előttük már két teljes sorozat végigvitt. Annyi különbséggel, hogy helyenként eszükbe jut: honvágyunk van, haza kéne már jutni. A Voyagerre jellemző, hogy az írók nem tudtak mit kezdeni a korai évadok unalmasra sikeredett ellenséges fajaival, így egy idő után újfent a borgot kellett behozni állandó antagonistának, a harmadik évad után pedig – nem titkoltan a nézettség növelésének érdekében – a hímnemű rajongók körében gyorsan népszerű vált, nem éppen kivetnivaló idomokkal megáldott Jeri Ryan által alakított Seven of Nine (Hétkilenced) is csatlakozott a legénységhez. A stúdió jelmezosztályán pedig hirtelen jelentősen megnőtt a kereslet a testhez simuló latex iránt.
Természetesen igazságtalan lenne kizárólag a negatívumokat kiemelnünk. Hétéves hazaútja során a Voyager is produkált emlékezetes epizódokat, mint például a Year of Hell vagy a Scorpion duplaepizódok, alkalmanként pedig sikeresen tárgyalt olyan morális kérdéseket, mint elődei. A jobb karakterek közül pedig elsősorban a holografikus orvos-segédprogram (Robert Picardo) figuráját emelhetjük ki (akinek tehetségét és a többi karakter halványságát bizonyítja, hogy gyakran egész epizódok épültek a holodoki „magánszámaira”). A 90-es évek igen buzgó ST-időszaka természetesen a mozivásznon sem telt eseménytelenül, a Nemzedékeket még két TNG-mozifilm követte az évtized végéig. Az első tisztet is alakító Jonathan Frakes által rendezett két opusz viszonylag jól teljesített a mozipénztáraknál. A ’96-os Kapcsolatfelvételt (First Contact) máig az egyik legjobban összerakott ST-filmként emlegetik, a két évvel későbbi, családibb hangulatot megütő Űrlázadás (Insurrection) már nem volt képes megismételni ezt a sikert.
2001-ben, a Voyager sikeres hazatérésével lezárult egy újabb fejezet. Berman nagyon bölcsen úgy látta, érdemes lenne pihentetni a franchise-t, a stúdió azonban máshogy látta. Még azon év őszén útnak indult hát sorban az ötödik Star Trek-sorozat, mely a szimpla és puritán Enterprise címet kapta. Az írók-producerek előtt több lehetőség is felmerült: menjünk még előrébb az időben, a 25. századba, esetleg még távolabb az ismeretlen jövőbe? Netán csináljunk egy sorozatot a Csillagflotta Akadémia életéről, afféle „Star Trek 90210-et”? Vagy mi lenne, ha visszatérnénk a kezdetekhez és bemutatnánk, hogyan is született meg az az univerzum, melyet mindannyian ismerünk? Habár baljós ómen lehetett volna George Lucas esete a Star Wars prequel-trilógiával, mégis ezen utolsó opció lett a befutó. A 22. század derekán, Kirkék előtt 100 évvel járunk, a Föderáció hajnalán. Az emberek, akiket eddig a vulkániak szigorú „pótdadaként” óvtak a kozmosztól, elindítják első, négyes térhajtásra képes csillaghajójukat (melyet ugyebár Enterprise névre kereszteltek), hogy felfedezze a kozmoszt. „Ahová még senki sem merészkedett”, mondhatnánk, szép számú kritikusa szerint azonban az ötödik ST-sorozatott inkább az „újra eljutni oda, ahová már Kirk és Picard eljutott” mottóval lehetne leírni.
A Quantum Leap – Az időutazóból ismert Scott Bakula (az állandó „Oh, boy!” felkiáltás ezúttal sajnos hiányzik) szimpatikus és rutinnal hozza Archer kapitány karakterét (akivel amúgy szintén nincsen semmi probléma), az első tiszt és az ügyeletes nagymellű latexruhás illető posztját ezúttal egy T’Pol névre hallgató vulkáni hölgyemény tölti be, rajtuk kívül talán az arcvonásait CGI segítségével felturbózott, halra emlékeztető hajóorvost érdemes még megemlíteni. A többi sablonfigurára kár a szót fecsérelnünk. Az Enterprise próbált haladni a korral, az ún. „temporális hidegháború” révén az írók igyekeztek egy trendi, rejtélyes időutazásos ívet bevinni a sorozatba, de mindhiába. „Istenek alkonya” – a Star Trek mítosz lassú halála ekkor már evidens volt. Az Enterprise egy friss, új kezdetet jelenthetett volna, a 15 éve nagyjából teljesen változatlan stáb azonban képtelen volt ennyi évad és epizód után újat hozni. A saját ötlettelenségében vergődő sorozatot négy évad után elkaszálták (a negyedik pedig talán még a legjobb volt az összes közül), a 2002-ben bemutatott tizedik mozifilm, a Picardék történetét lezáró Star Trek: Nemezis (Nemesis) pedig csúfosan leszerepelt a jegypénztáraknál. (Stuart Baird filmje volt az első ST-mozi, mely nem hozta be a rá fordított anyagiakat.)
Következett „négy szűk esztendő”, mialatt a franchise sorsa bizonytalanná vált. A régi brigád távozásával egy korszak ért véget, a Paramount pedig sokáig jegelte a tetszhalott Star Trek-univerzumot. Ekkoriban több különféle terv is napvilágot látott: sokáig Russell Mulcahy rendezésében egy Star Trek: The Beginning névre keresztelt mozifilmet lebegtettek, mely az Enterprise és a TOS között játszódott volna, főként a romulán háborúk idején. Emellett egy rajzfilmsorozat ötlete is felmerült, melyből szintén nem lett semmi. A legérdekesebb talán J. Michael Straczynski, a Babylon 5 sorozat alkotójának reboot-ötlete lett volna. De ez sem történt meg.
Végül J. J. Abrams kapta a lehetőséget, hogy új életet leheljen a Star Trek világába. Az eredmény minden idők legjövedelmezőbb Trek-mozija lett, egyben a rajongók véleménycsatáinak állandó célpontja. A Kirk, Spock és társainak ifjúkori éveiben játszódó, az új évezred látványorgiáinak igényeihez felturbózott mozi kevés dolgot tartott meg a ST eredeti koncepciójából és filozófiájából, a nagyközönség körében mégis eléggé népszerű (értsd: jól jövedelmező) lett ahhoz, hogy négy év múlva vásznainkra kerüljön a folytatás… A többi a jövő zenéje. Szó szerint.
