Három évvel a négy állatkerti barát kalandjainak sikere után a DreamWorksnek ismét volt egy dobása, és pontosan ott folytatta a korábbi CGI-mesét, ahol abbahagyta. A folytatás mind történetileg, mind érzelmileg sokkal gazdagabb, mint az előző rész: számtalan, korábban kihasználatlan regisztert szólaltat meg.
Folytatást készíteni egy már meglévő egészestés történethez több szempontból is kényes feladat. Egyrészt gazdaságilag ésszerű választásnak tűnik, mivel már létező és bevált filmes technikákkal kell fenntartani a nézők figyelmét. Akiket az előző rész meghódított, azok valószínűleg elfogyasztják majd a popcorn-adagjukat ezen a sequel-en is, hogy élvezhessék az új rész nyújtotta IMAX-hatást. Azonban az is biztos, hogy a korábbi szereplők mellé újakat kell kidolgozni, új konfliktusokat kell tálalni, hogy a történetnek elég súlya legyen egy 89 perces hosszhoz. Ezen a régi és új közötti mezsgyén kell a Madagaszkár második részének is egyensúlyoznia.
Az animáció első néhány perce azzal telik el, hogy felevenedik Alex (akkor még Alakay), az oroszlán múltja, ahogyan apja arra tanítgatja, hogyan védje meg magát. Hamarosan szem elől vesztik egymást, nemsokára Alex a New York-i állatkertben találja magát. A sztori következő fejezete azt az egyébként nem túl bonyolult utat mutatja be a rajzfilmbe ágyazva, ahogyan Alex és barátai Madagaszkár szigetére keverednek. Persze, mindezt azért, hogy a történet innentől kezdve azoknak is maradéktalanul élvezhető legyen, akik az első részről valamilyen oknál fogva lemaradtak.
Velősen: Alexék a pingvinek vezérletével el akarják hagyni Madagaszkárt, hogy visszajussanak New Yorkba. Velük tart a lemúrok királya és a király tanácsadója is. A már vizualitásában is bravúros repülőgépből azonban idejekorán elfogy az üzemanyag, ezért a tervezettnél sokkal korábban, valahol Afrika belsejében landolnak. Itt Alex találkozik a szüleivel, akik a dzsungel regnáló urai, de természetesen trónkövetelő is akad, ahogyan az ilyenkor dukál. Az érzelmes egymásra találás után Marty, a zebra, Gloria, a vízilólány, illetve Melman, a zsiráf is találkozik a fajtájabeliekkel, különböző módon és utakon, de mindegyikük élettapasztalatokkal gazdagodik. Alexnek eközben hősies tettet kell végrehajtania, amivel kiérdemelheti az állatvilág elismerését, ezt pedig barátainak segítségével sikerrel abszolválja.
A folytatás nagy előnye, hogy mind történetileg, mind érzelmi síkon sokkal gazdagabb, mint az ezt megelőző rész. Számtalan olyan regiszterrel játszik, amiket korábban nem használtak ki. Hiányolom azonban a könnyen követhetőséget, ami az előző filmet jellemezte. Martyban, amint állatkerti trükkjeit a többi zebrának tanítja, azok pedig másodperces pontossággal lemásolják, az a kérdés merül fel, hogy mennyire egyedi ő, és mi az, ami a többiektől megkülönbözteti. Gloriának, izomagyú hódolója akad, aki mellett mindaddig hűen kitart, mígnem kiderül Melmanról, hogy olyan régi csodálója, aki számtalan apróságot is észben tart imádatának titkolt tárgyáról. Ez az érzelmi vonulat mindenképpen újdonság a korábbi alkotáshoz képest. Melmanból zsiráftársai percek alatt törzsi vajákost teremtenek, kinézete minimum politikai inkorrektséget feltételez az alkotók részéről, még ha csak egy hipochonder zsiráfról is van szó. Ezekhez a mozzanatokhoz járul hozzá a pingvinek és lemúrok fel-felbukkanó mozaikjai, és teszik a rajzfilm egészét szétszálazódóvá.
A korábban említett dolgok mind csak rárakódnak Alex történetére, ami a rajzfilm legnagyobb ívű fejlődéstörténete is egyben. A problémát mindössze az okozhatja, hogy meglehetősen sok részletében hasonlít a konkurrens Disney által készített Az oroszlánkirály című, már ismert mesére. Kár ezért a botlásért, a 2005-ös előzmény szinte csak újszerű ötletekkel volt tele.
Természetesen a film érzelmi gazdagodásával, a szereplők bölcsebbé és tapasztaltabbá válásával párhuzamosan szinte szükségszerűen veszített humorából. Az, ami három évvel régebben még gördülékeny volt, itt már több ponton akadozik. A hangsúlyok áttevődtek és egyszerű időhiány miatt nem fért bele ekkora hosszba még több szóvicc vagy helyzetkomikum. Ebből a szempontból a Madagaszkár mintha a Jégkorszakhoz hasonlóan járt volna – amelynek szinte biztosra vehető, hogy viccesebbek lettek volna a későbbi epizódjai, ha csak a mókus történetére koncentrálnak. A humor szempontjából itt is a mellékszereplőkre hárul a feladat: a pingvinek és a lemúrok gondoskodnak arról folyamatosan, hogy a történet nehézkességén egy jól irányzott poénnal lazítsanak.
Minden apró hibája ellenére nemcsak nézhető, hanem élvezhető alkotás is, több ponton még felül is múlja elődjét, ez pedig nemes feladat, ami a második részeknek nem is szokott összejönni. A csorbát pedig biztosan lesz mód még kiköszörülni: már be is jelentették egy 2011-es folytatás tervét.