Versailles-ban született és nőtt fel. Már gyermekkorában mélységesen befolyásolta a popzene, bár festő vagy feltaláló szeretett volna lenni. A 80-as években egy párizsi művészeti iskolába kezdett járni, ahol grafikusi képességeit fejlesztette és pop-rock zenekart alapított. Ő maga a csapat dobosa volt, és elkészítette egyik-másik daluk videoklipjét is. A már befutott Björk felfigyelt az egyik első, az MTV által is sugárzott videoklipjére, és felkérte, hogy készítse el az énekesnő első szólóvideóját, a Human Behavior klippjét. Így lett Gondry profi: Björk másik öt, nagy költségvetésű videóját rendezte meg, ami utat nyitott más videoklip- és reklámfelkérések előtt.
Játékfilmesként 2001-ben debütált egy Charlie Kaufman-adaptációval, a Libidóval, aminek a premierje máris a Cannes-i Filmfesztiválon játszódhatott le.
